El tomar la decision entre diseñar tu sitio web en html o en flash depende mucho tu situacion y lo que requieres hacer en internet.

Eres una empresa establecida y basicamente tu presencia es institucional.

Estas apendas emprendiendo y andas en la constante búsqueda de clientes.

Para el primer caso , por su puesto que flash seria lo favorito si ya estas establecido y tu presencia es institucional , tu sitio sera con un enfoque productivo osea herramientas apoyo a clientes , etc(este tema mas adelante) , si tu objetivo es institucional totalmente flash es muy vistoso y es tu mejor opción ya que el diseño las animaciones efectos son mejor que lo que puedes obtener en html.

Si esta iniciando , totalmente tu sitio debe ser html , esto es por que requieres que tu sitio sea mas fácilmente indexado por las maquinas de búsqueda , trabajar con múltiples palabras claves , por otro lado el diseño en html te da la facilidad de poder usar herramientas como sitebuilder que son poderosas en su propio derecho , otra des las ventajas que siendo html en cualquier momento puedes editar o mover tu contenido a otro dominio o proveedor.

Básicamente son las 2 alternativas y factores a considerar.